KHAZANAH FATHANIYAH ditubuhkan secara rasminya oleh Syeikh Wan Mohd Shaghir Abdullah pada tahun 1995. Tujuan penubuhannya adalah untuk menerbit dan menyebarkan semula kitab-kitab ulama’ Melayu silam bagi mengekalkan pemeliharaan khazanah-khazanah tersebut. Selain itu, KHAZANAH FATHANIYAH juga berperanan menerbit dan mengedarkan karya-karya yang dikarang mahupun ditransliterasi oleh beliau sendiri, yang banyak berkisar mengenai pemikiran-pemikiran klasik, tokoh-tokoh ulama silam serta karya-karya mereka.

Sejarah penubuhannya telah bermula sejak tahun 1970 lagi dengan matlamat yang sama. Hasil cetusan pemikiran dari pengasasnya yang juga cucu kepada ulama terkenal, Syeikh Ahmad al-Fathani tersebut, KHAZANAH FATHANIYAH telah berjaya menerbitkan transliterasi karya-karya Ulama Asia Tenggara kepada versi buku dalam tulisan Rumi/Latin dengan tanpa mengubah perkataan yang asal bagi mengekalkan keasliannya. Ini adalah satu-satunya cita-cita yang amat besar sebagai kewarisan terhadap peninggalan karya-karya ulama terdahulu bagi mengembangkan dakwah Islam di seluruh Alam Melayu atau Nusantara, dalam menyaingi perkembangan dunia masa kini yang amat kuat cabarannya terhadap umat Islam di alaf ini.

Hampir keseluruhan karya-karya Ulama Silam Dunia Melayu menjadi koleksi KHAZANAH FATHANIYAH yang berupa bahan-bahan asli terdiri dari manuskrip kitab, surat, gambar, catatan dan lain-lain dari pelbagai bidang ilmu seperti Ilmu Fiqh , ‘Aqidah, Ilmu Hadith, Ilmu Tasawuf dan Tariqat ,Terjemahan al-Qur’an, Ilmu Tajwid, Ilmu Nahwu dan Saraf, Ilmu Balaghah, Ilmu Thib,Perubatan, Ilmu Hisab dan Falak, Ilmu Bahasa dan Sejarah, dan lain-lain lagi.

Sekian.